Los cristales poseen una estructura interna dotada de una gran afinidad con las vibraciones electromagnéticas de nuestro cuerpo. Ahora bien, al contrario que nosotros y dada la perfección de su estructura molecular, la vibración que emiten es continua y equilibrada. Precisamente por eso pueden ser utilizados, a través de su incidencia en nuestra aura, para restaurar las frecuencias saludables de los órganos y de los sistemas enfermos. Además, tienen la capacidad de reforzar cualquier otra terapia que nos estemos aplicando.

Los cristales se hallan rodeados de un campo electromagnético, comprobable con la cámara Kirlian, y es tal su perfección estructural que su campo energético posee la cualidad de sanar campos desequilibrados con los que entren en contacto.

 En principio, son los cuarzos los cristales más adecuados para ser utilizados como herramientas de sanación, no en vano existe acuerdo general sobre la calidad y la potencia de su campo vibratorio. Por otra parte, además de su belleza, tienen la ventaja de presentar una gran variedad de formas, colores y transparencias, ofreciéndonos así múltiples posibilidades de selección.

La estructura cristalina se caracteriza por la agrupación de iones, átomos o moléculas según un modelo que se repite. Ese motivo que se repite periódicamente forma la red cristalina. Concretamente, la estructura del cuarzo está formada por largas cadenas de tetraedros, con átomos de oxígeno en los vértices y un átomo de silicio en el centro. Unidos por sus vértices, forman un perfecto modelo tridimensional que les  proporciona precisamente su equilibada energía.

En general, es muy conveniente limpiar y cargar con frecuencia las piedras que se utilicen en sanación. La limpieza puede hacerse colocando el cristal bajo un chorro de agua y poniendo la intención de que se limpie por completo de energías externas; después se le cargará de energía exponiéndolo durante un tiempo a los efectos de los rayos solares. Los practicantes de Reiki aplicarán energía al cuarzo con el Símbolo del Poder.

Sin embargo, el sistema Reiki posee unas características propias que no exigen ser tan estrictos en cuanto a limpiar y cargar nuestros cristales. Al utilizarlos bajo la palma de la mano cuando estamos canalizando energía universal, ellos quedan automáticamente recargados de Reiki y, mientras mantengamos la transmisión, es bastante improbable que nada les contamine.

Si al aplicar una sesión de Reiki tomamos un cuarzo en cada mano, se estimulará enormemente la salida de energía universal por los chakras correspondientes. Para elllo podemos recurrir, genéricamente, al "cuarzo blanco" (transparente) o utilizar otras variedades recomendables según el chakra que estemos tratando.